電算市東區－秋葉原，巴哈姆特大樓為中心的這一帶，由於艾克斯強大的破壞力造成建築物極大的損壞。所幸在市民緊急搶救之下，總算在一個禮拜之內做好了安全防護措施，目前估計要真正將所有的建築物修復，可能要花費三個月的時間。

　　科學省由於距離東區較遠，沒有受到波及。唯一受到的損害就是受到艾克斯的電磁波影響，導致全市的網路程式連結口和次元網路出現問題，雖然修復可能要花多一點的時間，可是對於主導的熱斗的爸爸來說不算什麼難事。自稱幻影三槍手的三個神秘人物到底是什麼人，這是科學省的研究員們百思不解的問題，只能說似乎跟傑洛有關。當然之前阻擾布魯斯進行救援的傑洛也被熱斗的爸爸狠狠的罵了一頓。

 

　　科學省的寬闊的總辦公室中，科學省長官茶水博士正觀看著大螢幕電視上，新聞媒體對於幾名知名的立委的訪問……

　　「我早就說過了，人類發展科技的同時也逐漸對人類自身產生危險，擁有自我意識的程式本身就是人類最大的敵人，在加上什麼交互融合……他們………」

　　茶水博士聽到這裡，生氣的關掉大螢幕電視。

　　「哼，亂七八糟，就是因為有這些人……」

　　茶水博士正發牢騷到一半時，莫古斯走進了辦公室，打算報告目前進度，茶水因此連忙收起緊繃的怒容……

　　「所有的警視廳搜查領航員，以及科學省的調查領航員已經待命，目標是找出艾克斯。而且我們也已經和亞美羅帕、夏羅、支那、納瑪斯提、金格蘭、法蘭西、亞非利克等大國提出申請，啟動全球警備網逮捕Ｘ’。」

　　莫古斯看見茶水聽了後只是稍微的閉上眼睛，於是接著說了：

　　「茶水博士，當您找到了Ｘ’後，您要如何處置！」

　　茶水依然沒有回應，沉默了許久，茶水博士才開口：

　　「如果必不得已的話，只能刪除了…」

　　茶水博士嘆口氣繼續說道：「Ｘ’，當年光正前輩創造的擁有無限的可能性的網路領航員，雖然那時我是站在支持光正前輩的理論，相信即使是以電腦寫出來的人工智慧也是具有生命的，對於反對派的言論嗤之以鼻，但現今反對派當年的預測卻反而成真。不過或許……真正錯誤的不是Ｘ’，而是我們自私的人類呀！」

　　「茶水博士…！」莫古斯停頓了一下，好消化之前的話語，接著繼續說：「還有一件事情，自從Ｘ’的事件之後，原本我們認為與蟲洞有關的可疑討論板、論壇、網站、聊天室在一夕之間全都被削除，這是怎麼回事！」

　　「意思就是說蟲洞打算解散了嗎？」穿著一身黑衣，喜歡戴著一頂警探帽的織田警官從辦公室的門口慢慢走近……

　　「這是不可能的！」

　　「…………………」

 

 

　　巴哈姆特大樓地下室獨特的長桌會議廳中，所有的幹部正討論著接下來的公司營運方針要如何進行。大部分的人同意暫時延緩巴哈姆特主辦的網路對戰分級檢定，並且停機巴哈姆特的伺服器一個月。但是綾小路灸不同意……

　　「絕不能將網路對戰分級檢定延期，那是我公司最大的全國性活動，關係到我公司的名譽以及聲望，因此絕不能停止！」

　　「可、可是……」

　　總經理被小灸小姐的氣勢壓的說不出話來，心裡正滴咕著，要不是你是董事長之女我才不聽你的咧。

 

 

　　「熱斗，你終於醒了！」來醫院病房探望熱斗的光媽，熱淚盈框誇張式的一把抱住熱斗。

　　「好痛啊，媽媽，不要抱我了…！」

　　ＰＥＴ中的洛克不懷好意的笑著：「熱斗，你想要向媽媽撒嬌就不要客氣了啦！」

　　頓時一陣巨響，洛克被熱斗毆飛……熱斗當然不可能真的把身為電腦程式的洛克毆飛，只是在ＰＥＴ上狠狠的打了一下，洛克所處的ＰＥＴ中的電腦世界因此產生了大地震。

　　猛夫與小透，以及看起來不太想被人注意的炎山，接連來到熱斗的病房探病，小灸因為有事必須晚一點才能到。在熱斗病房，宛如成了小型同學會。

　　「對了，爸爸他…沒來嗎……？」

　　「嗯，因為科學省有很多事要忙，可能明天才會過來。」

　　「這樣呀…………………」

 

　　「熱斗，你一定要快點復原喔，雖然今天已經是聖誕節了，可是我們在小灸家已經準備好了聖誕派對等著你去參加！」

　　「聖誕節……對了！」熱斗說道。「聖誕節的前夕不是有話劇表演比賽嗎，後來怎麼樣了？」

　　「山崎已經代替你所飾演的偵探的角色了！」猛夫解釋道。

　　熱斗發出「啊！」的一聲的慘叫，他好不容易當主角的戲份就這樣沒了。

 

　　沒有事情可做的炎山看著窗外，認為窗外的景色比窗戶內還精采……

 

 

　　亞姆雷的証卷公司秘密基地中，亞特拉斯司令面色不佳的站起身來…

　　「我知道戴納摩的目的是什麼了！」

　　在場的眾人，聽到了司令的話語後，全部都轉過了頭來。

　　「但是隨著迷霧的釐清，所面臨的處境也就越趨危險！」

　　「……………………………………………………………」

 

　　經過亞姆雷大會全員的討論後，亞特拉斯司令派出了自己的領航員－亞姆雷－與自己的組織相同名稱的領航員，開始進行第二作戰計畫，亞姆雷所屬的四個分隊，他們所前往的皆為同一個目的地。

　　「前往亞美羅帕…！」

　　一名戴著一頭蓬鬆的亂髮的少年，坐在會議室的最角落。「好像沒有我的出場戲份，那麼我只好進行Ｃ作戰計畫了！」

 

 

　　電算市網路城市區域４，上班時間鮮少人會來的溜冰場，紅色的領航員－傑洛與三個長相如同黑色幻影般的詭異領航員－幻影三槍手正聚在一起……

　　「傑洛大人，我們已……」

　　「不要叫我『大人』，聽起來挺噁心的，照平常的稱呼就好了！」

　　「是、是的，傑洛先生！」

　　「目前Ｄ組織的計畫似乎已經進入第二步驟了，因此我們也要展開行動，任務是『保護Ｘ’』！」

　　三個幻影領航員聽了後大惑不解，面面相覷，懷疑起這個行動的重要性。

　　「詳細的原因我之後會告訴你們…」

 

 

　　黑暗的電腦世界－裡網路世界的某處，神秘的藍色領航員正盤坐在高地，沉思著……

　　「我到底是什麼人……為什麼在內心的深處中，總是有無法控制的奇怪黑潮呢…？」