正當電算市陷入混亂的同時，某個廢棄大樓的底下，一個有點像會議室般的地下基地中，幾個人正盯著螢幕上放映的新聞報導，討論著目前狀況……

　　「不好了，整個電算市因為電腦世界實體化的關係正遭受病毒的破壞，這一定是目標組織的傑作，我們得出去阻止才行！」坐在最前排，一名紅髮女子說道。

　　「但是……現在時機還沒有成熟，那麼快露面似乎不是明智的選擇！」一名留著小鬍子的男子提出了反對意見。「不知道那名……光、光熱斗是否能解決！」

 

　　「呵，由我去看看吧！」一名身穿著白色禮服及白色禮帽，有如紳士般卻又帶著少許稚氣外表的男子，出現在會議廳後方的門口。「我對這方面挺有興趣的！」

　　「拜託你了……黑羽君！」小鬍子男人一口答應道。

 

　　洛克人熱斗、蘿露梅兒、布魯斯炎山、日暮等人正趕往科學省當中，在無法進入ＩＰＣ的電腦的情況下，只得尋求熱斗爸爸幫忙了……

　　「蘿───露」「日暮───」「洛───克───人」「布魯斯───」

　　三個聲音同時叫住了正趕往科學省的洛克等四個人，一個壯碩的身軀和兩個相對起來比較嬌小的身影從遠方趕到……原來是大山猛夫、大山小夫和冰川透，他們剛從電算高中跑來。

　　三人都已看到了病毒實體化，因此看到洛克人、蘿露、布魯斯實體化也不意外不過對於沒看到熱斗、梅兒、炎山，倒是挺奇怪的。

　　「這是交互融合…」日暮向三個人重頭解釋了一遍這種人類與領航員結合的同歩能力的神奇之處，三個人才勉強聽懂了一點。

 

　　大家躲過了各種病毒的攻擊後，終於到達了科學省。此時的科學省因為啟動了病毒防護罩，因此暫時不會受到病毒的侵襲。

　　熱斗解除了交互模式，越過所有正忙得不可開交的科學家們……眾人全都在各忙各的，似乎都沒注意到熱斗一行人出現……大家終於找到了正在修理某項儀器的爸爸。

　　「爸爸！」「光博士！」

　　「熱斗、還有你們，我就知道你們會來！」祐一朗注意到了熱斗以及所有的來賓。

　　「爸爸，現在該怎麼辦？」熱斗詢問道。「我們要怎麼樣才能解除ＩＰＣ的電子次元轉換系統呢？」

　　「科學省的反電子次元轉換系統已經快要開發完成了……」爸爸一邊加緊努力地維修著儀器，一邊說道。「完成後它可以發出電波，強制停止對方的次元系統的運行，就可以使得實體化的網路區域消失！」

　　「加油，爸爸！」

 

　　在科學省忙著進行解決方針的同時，警視廳所派出的警察們，正運用他們的陸地型領航員們和空中型的直昇機鎮壓病毒暴動，儘管單一的小病毒一下子就消滅了，但是像刪除人這種這麼龐大的領航員可就沒有這麼簡單了。

　　刪除人是處理網路廢棄資料的領航員，因此能消化各種廢棄資料來作為自己的養分。現在刪除人經由電算網路區域２實體化後，電算市的建築物更成為了刪除人的糧食。

　　「嗚啊，這個病毒的體積實在太大了，攻擊完全被吸收了！」

　　「沒辦法了，再這樣下去電算市會被刪除人吞噬掉的！」位於警視廳中進行指揮的織田警官下令道。「啟動網路世界的終極軍事武器－終極爆裂砲。」

　　「等等，警官！」一旁的人員阻止道。「那個武器必須跟政府授權使用，而且使用爆裂砲還可能會毀掉整個電算市。」

　　「現在沒時間授權了，任何問題由我負責。別擔心，只要調整好攻擊的範圍和頻率，就可以避免攻擊到目標以外的東西！」

　　終極爆裂砲，用於清除網路隕石的巨型雷射砲，它的威力大到可以將整個小島毀掉，是個非常危險的武器。

　　「將終極爆裂砲傳輸至實體化的電算網路區域２……」織田警官的話還沒說完，螢幕上立刻顯示出一陣碎裂的建築物掀起的塵埃煙霧。緊接著，音響傳來了在場作戰的人員們的報告聲：

　　「不好了，刪除人消失了！」

　　「什麼，消失了，難道是鑽到地底下了！」

　　「可是，雷達上完全沒有反應！」織田警官旁的工作人員指著電腦螢幕說道。

 

　　「完成了！」

　　熱斗的爸爸如釋重負地大喊道。馬上將機器上的拉桿壓下去，啟動這台反電子次元轉換裝置。這台機器立刻強烈地震動起來，電波藉由外部線路傳輸到了科學省屋外的發射裝置，發射出去……整個包圍著電算市的電子次元空間果然開始憾動了起來，逐漸開始瓦解。

　　「已經開始啟動了！」爸爸看著電腦螢幕說道。螢幕上正顯示著反電子次元的啟動進度，目前正標示著１％。

 

　　佔據門戶緊關的ＩＰＣ公司主電腦中的遊戲人，也感受到了反電子次元裝置的威脅，眼看著次元空間要被瓦解了，這麼一來他的計畫就失敗了……

　　「這群螞蟻膽敢破壞吾之計畫，別作夢了！」遊戲人震怒道。進而調整ＩＰＣ的主電腦，加大實體化系統的頻率。

 

　　砰的一聲！熱斗的爸爸辛苦製作的反電子轉換裝置冒出了黑煙，所有的人都嚇了一大跳……

　　「這麼回事，機器爆炸了！」熱斗叫喊道。

　　「這、這是……」爸爸檢查著機器解釋道。「對方的電子次元轉換裝置的頻率太強了，這台機器負荷不了！」

　　「怎麼會這樣子啾！」小夫喊道。

　　「沒辦法了，先修復好機器，我再加高機器的電波強度！」爸爸對前方不遠的帶廣喊道。「帶廣，請來幫我一下！」

　　「ＯＫ！」