自開天闢地以來，通訊在人類生活中便佔有密不可分的地位，從古至今，為了能互相傳達各種訊息，人類使用各式各樣的方法來進行通訊。隨著時代的演進，人類的通訊方法也日新月異，逐漸發展出「網際網路」這項技術。

　　網際網路(Internet)……這是一種在各個電腦間連結的無形資訊網，這種技術最初是一九六零年代亞美羅帕國防部，為了在不同廠牌的電腦中傳輸訊息，而發展出來的技術。這種通訊穩定且方便的技術漸漸普及化，傳到了全世界的國家，網際網路因此演變成了全球化，最初只提供軍事應用的網路也發展成了民營化設備，讓所有的平民能利用網路來進行交流。

　　在資訊科技的蓬勃發展下，工程師們更設計出了能更有效瀏覽網路世界的小型電腦－個人攜帶型電子終端機ＰＥＴ(Personal Terminal)，在這台ＰＥＴ中，同時設計著一個人工智慧體－網路領航員(Navigator)，藉由領航員，人們可以自由在虛擬的網路世界中送信、交流、購物，做各式各樣的事情……

　　但是在科技發展之下，卻也產生了弊端，由於網路的方便也造就了網路犯罪的生成，某些在螢幕後面為了一己私慾的人們，設計出會傷害他人的電腦病毒來證明自己的實力，造成眾人的不安。同時更有龐大的犯罪組織介入網路世界中進行破壞性的犯罪活動，干擾人們的安全，其中尤以ＷＷＷ(World 3)的活動最為猖獗，ＷＷＷ是由反對網路科技的科學家－威利博士所創造出的犯罪組織，他們為了破壞整個網路工學社會曾製造出許多事端，所幸在網路對戰員們的努力下阻止了ＷＷＷ的惡行。但是，雖然病毒能夠阻止，卻無法阻止某些人類不斷擴大的野心，進而不斷利用網路來威脅人民，謀取自己的利益。

　　日本，住在電算鎮的少年光熱斗，在學業的背後是個厲害的網路對戰員，由於他的能力，逐漸捲進了網路世界中險惡人心所產生的紛爭漩渦中。

 

ＥＸＥ之歷史

 

　　二十年前－光正博士創造了初代網路世界的原型。

　　　　　柯薩克博士開發出世界上第一個自律型網路領航員－佛魯迪。

　　　　　原型叛亂事件，眾科學家將原因歸咎於佛魯迪，

　　　　　並且派遣領航員精銳部隊出兵剿滅，導致佛魯迪與人類決裂而出走。

　　　　　原型產生錯誤不斷增殖，在一周內吞噬掉所有東西，

　　　　　發現失控真相的科學省決定封印原型。

　　　　　封印後六個月後，貪婪的原型不受封印控制，

　　　　　吞噬更多的電腦世界，最後達到無法收拾的地步，

　　　　　造成網路社會機能被終止，史稱「原型的叛亂」。

　　　　　光正博士因此安裝鎖住他的力量的「防護程式」進入原型核心，

　　　　　並且用四性碼封印原型。

　　　　　光祐一朗以他逝世的兒子－光彩斗的DNA當作實驗品，

　　　　　創造了第一個具有自我感情，

　　　　　能與操作者成為好朋友的網路領航員－洛克人.EXE。

　　　　　光祐一朗之子－光熱斗六歲收到了爸爸送的PET，

　　　　　成為了洛克人新的主人。

 

　　２００Ｘ年－網路犯罪組織WWW的行為越來越猖狂，甚至危及到了少年光熱斗附近的安全。在熱斗與他的朋友的努力下，終於擊敗了威利博士意圖引發終末戰爭的媒介－夢幻病毒，消滅了WWW。《網路對戰 洛克人EXE》

 

　　EXE一個禮拜後－WWW的殘餘高階幹部－教授為了完成威利博士毀滅網路工學世界，建造機械工學世界的夢想。於是利用傑洛病毒感染所有領航員造成騷動，並且意圖再次復活夢幻病毒進行破壞，所幸在熱斗的努力下教授仍然失敗，傑洛也順利實現成為領航員的願望，成為熱斗一方。《洛克人EXE 動力傳輸》

 

　　EXE三個月後－網路世界出現了手段更加殘酷的新興犯罪組織－福音會(Gospel)，意圖毀滅整個人類社會。熱斗在長久的決鬥後卻發現，福音會的首領，竟然是一名被威利所操控的少年－帶廣瞬。福音會最終武器「究極領航員」最後竟然發生錯誤自己變形成了巨型狼犬怪物－福音獸，熱斗與洛克人，在強烈的電磁波環境下完全同步，終於擊敗了福音獸。《網路對戰 洛克人EXE2》

 

　　EXE2後一個月－正當N1大賽進行的同時，熱斗卻發現幕後竟然有再次復活的WWW在背後操控。威利這次打算讓曾經引起動亂的原型再次復活，並且說服佛魯迪一起參與計畫，但是威利沒想到，原型的力量不是任何人可以控制的。在最後一戰中，洛克人犧牲了自己救出熱斗，讓他不被原型吞噬。幸好……熱斗的爸爸最後找回了洛克人的資料，讓洛克人復活。《網路對戰 洛克人EXE3 通常版&黑版》

 

　　EXE3後數個月－IPC公司決定將上次沒有舉辦完的N1大賽再次舉辦一次，因此，熱斗等人再次踏上網路對戰之路……《洛克人EXE 對戰晶片錦標賽&洛克人EXE N1錦標賽》

 

　　EXE3後五個月－審核生物良心值的宇宙小行星電腦系統－迪歐，察覺到地球的黑暗力量有逐漸增加的趨向（犯罪組織「星雲」(Nebula)的傑作），因此決定毀滅掉地球。得知小行星危機的科學家們，因此從目前正在全世界舉行的錦標賽中挑選出最強的網路對戰員，來對付逐漸接近的小行星。最後選拔出來的光熱斗和洛克人，由於他們善良的心靈，使得迪歐終於願意減緩毀滅任務。《洛克人EXE4 錦標賽 紅日&藍月》

 

　　EXE4一個月後－星雲發動了總攻擊，黑暗領航員四天王直接佔領了整個網路世界，同時失蹤的「星雲」首領－利卡爾，竟然直接侵入了科學省綁走光祐一朗，為了將被佔據的網路世界解放，並且救回光祐一朗，官方組成了兩支小隊，以游擊戰的方式逐一解放被佔領的區域。利卡爾的最終目的，是想利用過去先輩們所發明的心靈伺服器，將全人類的心靈染上邪惡，雖然這個目的在熱斗與洛克人的反抗下仍然失敗，可是利卡爾最後接受了光祐一朗繼承父親們遺志的建議，因此決定不再堅持自己的想法，答應與光祐一朗一起到科學省共同合作，完成目標。《洛克人EXE5 布魯斯小隊&卡尼爾小隊》

 

　　本作的故事，由EXE5的四年後開始……